吕剧原名“坐腔扬琴”、“化妆扬琴”，发源于200多年前的山东琴书并吸收了民间艺术花鼓、小曲、沌腔等曲种发展演变而来。
1900年前后，由时殿元首创，同崔兴乐、崔心庆、谭明伦等人开始对“坐腔扬琴”进行创造性革新，将琴书段子《王小赶脚》由坐唱形式改为化妆演出。整个演出声、情、做、舞、唱并茂，观众交口称赞，初步尝试便获极大成功。化妆扬琴的出现，是由民间说唱形式成为戏曲艺术的开端。
化妆扬琴进入济南前，多以盘凳子（拉地摊）的形式出没于农村的田间地头、场院和集市中，人员多为散兵游勇式。演出剧目数目不多，均为小戏。角色行当也是沿袭了琴书的“三小”，即小丑、小生、小旦。
1918年，以张风辉为首的车里班，首进济南风顺茶园（当时的剧园）演出，并在济南新市场洛生茶园演出近两年。角色行当已经由原来的“三小”，发展到生、旦、净、丑诸行。基本唱腔已固定在“四平（凤阳歌）”、“二板”、“流水”等板式上。在艺术实践中对剧目内容、表演手法、演唱腔调、音乐伴奏等诸方面不断进行改革创新和充实，使之逐渐完善。至此，吕剧作为地方戏曲业已趋于成熟。
1951年10月，山东省第一个吕剧专业剧团——济南鲁声琴剧团正式成立，1953年定名为济南市吕剧团（同年山东省吕剧团成立），并且将化妆扬琴正式命名为吕剧，随后又排演了现代戏《光明大道》、《小女婿》、《明明上当》等。
1962年进京演出《闹房》、《逼婚记》，受到朱德、董必武、聂荣臻、邓颖超等中央领导同志的赞扬和鼓励。十一届三中全会后，《逼婚记》再次受到李先念、汪东兴等领导的赞赏，并于1979年由长春电影制片厂拍摄成电影。在20世纪五六十年代，吕剧红遍了大半个中国，尤其是山东的老百姓对吕剧更是百般喜爱，田间村落、市井街巷，到处都能听到人们哼唱吕剧。
2008年6月，传统戏剧吕剧被列入第二批国家级非物质文化遗产名录。
