明、清时期，是莆仙戏发展、繁荣的时期。明朝莆田文人姚旅在《露书》卷八《风篇》中记载了莆仙戏使用的特殊乐器笛管：“以葭芦为之，莆中谓之芦笛。然亦莆中多此，岂余所见未广耶?”演员的冠饰也很有特色：“弁如帻，但当耳有两手拤耳。余少时于戏场见之，犹有吉祥之意。”长乐人谢肇淛在《五杂俎》卷十二“物部四”中记曰：“莆田多善鼓琴，而多操闽音”。
清康熙十三年(1674年)，黄金龙办起私人家班：“集戏子一班为生”(清·陈鸿《清初莆变小乘》)。而民间班、社大发展，据清陈鸿《莆靖小纪》载，康熙三十四年(1695年)“十二月廿九日迎春，戏子廿八班，共妆春架四十八架，官民共赏新年。”乾隆二十七年(1762年)，莆田北关外头亭瑞云祖庙，嵌立一块“志德碑”，上列戏班共32班，比康熙三十五年(1696年)增加了12班，达到鼎盛时期。
清道光年间(1821～1850年)，仅仙游一县就有戏班60多班。当时，湖南人陈盛韶任仙游县令，他在《问俗录》中记载：“俗喜歌舞，里巷婚丧，靡不演剧，而价亦廉。合邑60余班，闽人通称七子班。乐操土语，别郡人终日相对，不达一语”。据调查统计，从清中叶到清末，莆田、仙游两地的戏班达到150多个。并从昆曲、弋阳腔及乱弹等声腔中吸收了大量传奇剧目，改调而歌，使莆仙戏传统剧目更为丰富。
此外，清代莆仙戏还出现根据时人时事或地方故事编演的时事剧。其中有揭露仙游县令宋某胡乱判案，草菅人命，造成冤案的《王监生》；有反映八国联军攻入北京后，清廷一品大官被英、法侵略者驱赶上街扫马粪的《红顶扫马粪》，以及《林则徐禁烟》、《吗啡劫》等。
