自古以来，湘南地区的民间小调和歌舞都很发达，早在南宋时代，史籍上就有“州民为百戏之舞”的记载，衡州花鼓戏就是在这一基础上形成的，与灯会、采茶、傩舞联系十分紧密。
衡州花鼓戏的雏形是一种叫“车马灯”的民间歌舞，由一丑一旦表演，后来增添了说白和故事情节表演，形成一丑一旦的“二小戏”，用呐子伴奏。后来又产生了小生角色，发展为以“三小”见长的衡州花鼓戏，据说“三小戏”在清朝咸丰、同治年间非常流行。由三小戏发展“多角戏”。衡州花鼓戏的形成年代现在已经找不到确切记载，据推断应该是清朝后期，大约是在清同治年间。
在形成的过程中，该剧种还受到了衡阳湘剧、木偶戏、皮影戏等其他戏剧形式的影响。在声腔、演出剧目上也多有借鉴。
宗教活动对衡州花鼓戏的形成有着重要影响。衡州境内的南岳衡山，是着名的宗教胜地，古刹庙宇甚多，香火繁盛。每年7—9月间，民间的酬神活动十分频繁。酬神时必请师公设立法堂，这种法堂多是师公与花鼓戏艺人的合作，有的则是一套人马。这种合作对衡州花鼓戏的发展有一定影响。如其“调腔”，便是由师公腔衍变而来。
在清末，衡州花鼓戏一度相当活跃，衡阳的各县市成立了许多戏班子，因为这种戏班子活动范围广、时间长，被人称为“四季班”，衡州花鼓戏的早期班社多为业余性质，一般一个班子8至10人。演员与乐队没有严格分工，基本上农忙务农，农闲从艺。新中国成立之前，艺人们的社会地位极低，20世纪30年代后，由于社会动乱，衡州花鼓戏日渐衰落，班社所剩无几。40年代日军侵入衡阳后，戏班子几乎解散殆尽，新中国成立后许多专业的衡州花鼓戏剧团又成立起来。不过在旧时，衡州花鼓戏也常遭查禁，艺人们只得躲进大戏班中到各地演出，以至形成了与其他剧同台演出的状况，人称“调戏班子”。这种演出活动，有利于衡州花鼓戏在剧目、声腔以及表演程式方面的发展。
中华人民共和国成立之后，衡州花鼓戏获得了新生。衡阳市和衡山、衡东、衡阳、资兴、永兴、衡南、耒阳、安仁、桂东、郴县等县都先后组建了衡州花鼓戏专业剧团，培养了一批新生力量，艺术传统得到继承和发扬。各专业剧团创作、改编了一大批剧目，并对其音乐声腔、舞台、美术等进行了大胆的、卓有成效的改革，使衡州花鼓戏焕发出新风采。
