高腔是祁剧演出中最古老和最具有特色的声腔。明代初年，江西弋阳腔在中国南方的很多地方播下了种子，在湖南这块肥沃的土地也产生了多种地方戏曲形式。所以，江西弋阳腔是祁剧高腔的始祖，祁剧中的高腔曲牌，高达200多支，其中最为古老的自然是《目连传》，它当年所采用的就是明初弋阳腔《目连救母》的手抄本。《目连救母》中的弋阳腔曲牌大约70支，这些曲牌极大地丰富了祁剧高腔的音乐系统。
祁剧高腔戏分为正高和杂高两种形式，正高主要用于叙述故事，是完整讲述故事情节的正本戏，结构规整，规模较为庞大；而杂高则为相对结构比较灵活的折子戏，有时就是一出戏，虽然短小，但是往往别出心裁，不落俗套，一下子就能在剧情上抓住观众。
高腔的唱腔结构分为四种。一是一段体结构，这是祁剧高腔中最为简单的结构形式，由上下两个相呼应的腔系构成的单乐段，两个乐句的长短不一定对称，视剧情的发展和唱词的长短而定；二是多段体结构，这是在祁剧高腔中运用广，曲牌最多的结构形式。通常由两个以上的上腔、下腔构成的多乐段结构；三是散段体结构，即散板，采取无板无眼的节拍，行腔自由，原则上由演员自由发挥；四是联曲体结构，由多个高腔曲牌连缀在一起，统一在一折戏中，这种结构最为复杂，长大。
传统的戏曲基本上都兼有文场（用管弦乐伴奏）和武场（用打击乐伴奏）的伴奏形式。但传统的祁剧高腔中并无文场伴奏，武场乐器主要有锣、钹、战鼓、云板等，在铿锵有力的唱腔旋律的作用下，这些打击乐器充分与行腔揉合，再加上众人的帮腔，气势很大，气氛也是尤为热烈，体现了它的先祖—弋阳腔“其节以鼓，其调喧”的特点。
