祁剧源于弋阳腔，是明初传入祁阳后与地方艺术相融合，长期演变而逐渐形成的。据说为明永乐年间（1403-1424），当时弋阳腔随江西移民传至祁阳，逐渐传播形成。弋阳腔最早的剧目是《目连传》，其被称为祁剧高腔之祖。祁剧在明代后期，已成为湖南流行较广的剧种。据清代同治九年修纂的《祁阳县志·艺文志》记载，明朝末期，祁阳地方已经有了较为健全体制的戏班活动。
高腔是祁剧最早的声腔，清朝康熙后期，祁剧在先后融合了徽调、汉调和西黄腔之后，逐渐形成了弹腔（南北路）。后弹剧在发展过程中，南路有受宜黄戏的交流影响。随着其流行和剧目及表演艺术的变化，祁剧声腔形式日益丰富。
清朝康熙、乾隆时期，祁剧社有较大的流传和发展，向外遍及广西、广东、江西、福建等省。祁剧著名班社在清嘉庆年间有吉祥班、老四喜班等。咸丰、同治（1851-1874）以后，祁剧有了全面的发展，众多新剧社、剧目和名家不断涌现。
当时的班社有科班、中班、江湖班三种：一、科班。一般的艺员入科三年才满师，期间的活动都在科班内。早期的科班在白水、零陵、贵恙、祁阳等地活动。二、中班。一般在学徒出科后，还要再帮师三年。学徒在次期间仍然一边唱戏，一边学戏，有微波的收入，这段时间被称为“中班”。三、江湖班。最早的江湖班是老春花班，在康熙年间就在武岗一带进行演出活动。乾隆年间有诸如庆芳班、瑞华班、新喜堂班等光绪年间著名班社有荣庆班、老永和班等。清朝末年的四喜班、荣庆班、老永和班和天仙园，合起来被称作“四大名班”。
在祁剧界，艺人们有“三去赣南”之说，第一批在乾隆时期；第二批是仁和班在同治末年；第三批是福兴班在清朝末期民国初年。道光帝时期，艺人龙明信带领的新福祥班在江西宁化著名一时。民国时期，祁剧第一个女子科班丽华班于1933年在祁阳洪桥创办。
新中国建国后，剧团发展兴盛。1956年时，湖南全省有祁剧社团29个，共有1972人参与从事。从1958年起，不断创作现代剧作，如《送粮》、《新坡将军》等。在1960年，湖南省祁剧艺术团汇报演出了《闹严府》；同年，还开始兴建湖南省祁剧院。1963年在省戏曲学院设立祁剧科，开始招收专业学员。十年动乱，使祁剧艺术备受摧残，1978年以来，才渐渐恢复起来，1980年底，湖南省文化局组织全省祁剧教学演出，组织评选出二十四个优秀剧目录相、从而为祁剧保留了众多的许多优秀剧目表演艺术材料，为祁剧的保存和发展做出了巨大的努力。
