昆山腔形成于元末明初
根据明周元纬《泾林续记》的记载，说朱元璋曾问昆山老人周寿谊，“闻昆山腔甚佳，尔亦能讴否？”认为明初昆山腔已很盛行。据胡忌查证了明《蓬窗日录》、清《书影》、《锡金识小录》等书，周寿谊生于南宋景定年（1260-1264年），无锡人，长期居住在昆山，明洪武六年（1373年）朱元璋召见，当时周老人已有百余岁了。据此推算可以知道元朝末期已经开始流行昆山腔。
1960年，吴新雷看到了路工发现并珍藏的清初抄本《真迹日录》中的魏良辅《南词引正》，这是明末昆山人张丑根据文徵明手书真迹过录在《真迹日录》中的。这与明万历年《吴歈萃雅》中的《魏良辅曲律》有不同之处，其中有关于昆曲渊源的很重要的资料，特别是提到了元朝昆山顾坚善唱南曲，昆山腔形成于元末明初已不容置疑。第二年，钱南扬校注的《南词引正》在《戏剧报》正式发布，路工、傅惜华、周贻白等学者纷纷发表评论，把昆山腔发源的历史从明代向前推进到了元代。1989年，胡忌、刘致中的《昆剧发展史》也论证了这一观点。
《南词引正》中有关昆曲渊源的第五条是这样说的：“腔有数样，纷纭不类，各方风气所限，有昆山、海盐、余姚、杭州、弋阳。自徽州、江西、福建俱作弋阳腔；永乐间，云、贵二省皆作之，会唱者颇入耳。惟昆山为正声，乃唐玄宗时黄旛绰所传。元朝有顾坚者，虽离昆山三十里，居千墩，精于南辞，善作古赋。扩廓帖木儿闻其善歌，屡招不屈。与杨铁笛、顾阿瑛、倪元镇为友，自号风月散人。其著有《陶真野集》十卷、《风月散人乐府》八卷，行于世。善发南曲之奥，故国初有昆山腔之称。”
这里说昆山腔是唐玄宗时黄旛绰所传，只能看作是当地的传闻。唐代的宫廷乐臣黄旛绰名声很大，死后葬于昆山的绰墩，因昆山腔唱的南北曲中有源于唐代的教坊乐曲的成分，所以当地人就这样传说了。说到元代居住在昆山千墩的顾坚，“善发南曲之奥”，扩廓帖木）七听说他很能唱南曲，就多次命他来唱曲，但顾坚就是不去。顾坚其人，是研究昆山腔渊源的重要人物。据清《重修顾氏大宗世谱》、《南通顾氏家谱》，吴新雷根据顾坚同辈人的行年比照旁证，推知他成年后主要活动的年代，约在周德清写成《中原音韵》的元泰定元年（1324年）至元顺帝至正二十七年（1367年）之间，那么，自1324年至元亡的四十余年间，在昆山地区已经有昆山腔了。现知知名的第一歌手，就是顾坚。因此，根据魏良辅的《南词引正》，可以把昆山腔产生的年代大致推前到元泰定元年（1324年）。
《木儿传》，扩廓帖木儿是元末顺帝时的大臣，曾位居太尉、中书左垂相，后又封为河南王，代皇太子率军南下镇压农民起义，所以顾坚“屡招不屈”。而著名诗人杨铁笛（杨维桢），会稽人，居松江，善琵琶、笛、曲，常到昆山顾瑛家，在书画舫中“醉吹铁笛”。他写的南散曲如《夜行船序·苏台吊古》套很有名，也曾被人用昆山腔传唱，其联套格式[]夜行船序]、[前腔]、[斗蛤蟆]、[前腔]、[锦衣香]、[浆水令]、[尾声]，也被昆腔沿用；名士顾阿瑛（顾瑛），昆山人，家甚富，筑有玉山草堂，草堂内有金粟轩、书画舫、春晖楼等多处建筑，好蓄养声伎，有女乐素云、素贞、小琼华、丁香秀、南枝秀等名伶，唱演南北曲；名画家倪元镇（倪瓒），无锡人，精音律，也喜欢写作北散曲，当时北曲的唱已对南曲的唱发生了一定的影响。这三人都是由元入明而卒于明初的，他们与昆山顾坚交游，都跟顾坚善唱昆山腔有关系。这些文士的艺文活动，赋曲雅会，和当时戏曲演唱的提高与雅化自有必然的联系。如杨维桢在《铁崖先生诗集》癸集中所记，在与官宦诗客宴会时，曾唤著名女伶沈青青来应唱《破镜重圆》戏文，予以重赏，并将“青青易名瑶水华”。诸如此类的文人雅事，对南曲的走向格律化也产生了一定的影响。
现知最早的南曲格律谱，是成书于元代天历年间（1328一1330年）的大元天历间《九宫十三调谱》，明嘉靖年蒋孝的《南九宫谱》，就是承袭大元天历间《九宫十三调谱》修订编撰的。南曲的曲牌系统在元代天历年间已成雏形。
因此，在元泰定、天历年间，已经有用昆山腔来唱演南曲戏文和南曲散曲了。
